1783 – 1550 př. Kr. Hyksóská nadvláda neznamenala katastrofu pro lid, ale pro duchovenstvo
Přestože Egypt za vlády 14. dynastie nijak nestrádal, její konec znamená konec pro Střední říši. Vpád Hyksóských kmenů z Palestiny, kteří disponovali lepšími zbraněmi i válečnými technikami, znamenal konec celistvosti Egypta. Hyksósové se usazují v deltě a zakládají nové hlavní město - Avaris. Přijali egyptskou - Reovu titulaturu a ve spoustě věcí se přiklonili k egyptské kultuře. Díky nim Egypťané poznali koně, či válečné vozy. Théby si zachovávají svou relativní nezávislost, avšak i jejich moc upadá. Ke konci druhého přechodného období se v Thébách ukazuje nová, silná dynastie, která postupně Hyksósy vytlačuje z delty a poráží je i na jejich svrchovaných územích, počíná zlatá éra Egypta - Nová říše.
Třináctá a čtrnáctá dynastie vládly přibližně v letech 1783 – 1640 př. Kr. Jako v prvním přechodném období, i nyní panovníci vystupovali na trůn a byli odstraňováni taky rychle, že jejich jména téměř beze zbytku zmizela v propadlišti dějin. Podle některých pramenů se jich vystřídalo na trůnu sto, historicky doloženo je jich dvacet a z nich pouze jediný si stačil vybudovat důstojné místo posledního odpočinku. Byl to král Chenžer, o němž se předpokládá, že vládl jen krátkou dobu a to jen na území Dolního Egypta. Jeho malá cihlová pyramida s jednou satelitní pyramidou leží v jižní části sakkárského pohřebiště a je poslední královskou pyramidou, postavenou v Egyptě. Nadzemní část pyramidy je téměř zničena, ale její podzemní části se dochovaly (i když po náležitém vyloupení) v poměrně dobrém stavu.
Asi dvě stě metrů jižněji od této pyramidy leží pozůstatky sakkárské anonymní pyramidy. Je starší než Chenžerova, ale vědci nedokázali určit jejího majitele a navíc si nejsou jisti, zda patří do doby Druhého přechodného období nebo snad do období Střední říše.
Před panovníky těchto dynastií ležely nepřekonatelné překážky. Nastoupili na trůn po pádu Střední říše, jejíž mocenské i státní orgány byly smeteny lidovým povstáním, říše rozdrobena na malé celky ovládané místními náčelníky a navíc zvenčí ohrožována divokými kočovnými kmeny – Hyksósy. Hyksósové přicházeli z Asie a byli tvořeni kočovnými kmeny převážně semitského původu. Díky slabosti říše a vlastním válečnickým schopnostem dokázali porážet egyptská vojska a asi kolem roku 1680 př. Kr. plně mocensky ovládli Dolní Egypt a administrativně si podřídili i horní část země.
Patnáctá a šestnáctá dynastie, zvané hyksóské, se udržely na trůnu sto let, do roku 1550 př. Kr. Jejich sídelním městem bylo město Auraris v deltě, jehož umístění není dnes známo. Počet panovníků těchto dynastií není rovněž znám. Jména, která se dochovala, nemají žádný význam pro okolní svět. Byla to ale zcela jistě jména děsící obyvatele žijící pod jejich krutovládou. Po celých sto let vznikala v Dolním Egyptě zoufalá povstání proti vetřelcům a byla krvavě a bezohledně potlačována.
Sedmnáctá dynastie (1640 - 1550 př. Kr.) vládla souběžně s hyksóskými dynastiemi na území Horního Egypta v sídelním městě Vesétu. Počet panovníků není znám, jména pouze posledních dvou. Sekenjeurého a Kamóse. Horní Egypt si pod jejich vládou zachoval určitou nezávislost a poslednímu panovníkovi dynastie, Kamósovi, se podařilo zorganizovat povstání proti Hyksósům, které přerostlo v osvobozeneckou válku. Tu dovršil úplným vyhnáním vetřelců jeho nástupce Ahmóse I., který znovu dokázal sjednotit zemi.